海淀区第二实验小学成立于1999年5月7日。它由原清河二小、清宁路小学合并而成，且先期合并了原朱房小学和安宁庄小学，办学基础较好。

目前有四个校区：橡树校区、朱房校区、清宁校区、当代校区。

   2010年橡树湾小区投资扩建该校校区，修建可容纳800人同时就餐的食堂，增建室内篮球馆，扩建图书馆，将一圈仅仅有150米的原操场废弃，修建了一个一圈400米的标准操场。这次扩建将海淀区第二实验小学建成海淀区硬件设备一流的小学。